處長
綜理處內相關公共事務並指揮監督所屬單位動物防疫、動物保護及行政人員。
秘書
襄助處長各項動物防疫及動物保護處內相關公共事務。
技正
襄助處長各項動物防疫及動物保護處內相關公共事務。
動物防疫課
1.豬隻傳染病防治輔導。
2.衛生教育保健及疫情調查處置。
3.動物用藥品管理。
4.化製原料運輸車管理。
5.獸醫師(佐)及獸醫診療機構管理。
動物檢診課
1.水產及畜禽動物疾病姓鑑定及疫情調查處置。
2.畜禽動物用藥品殘留檢驗。
3.獸醫技術研究與其他有關事項。
4.文書、檔案、事務、出納、採購、研考、財產管理。
動物衛生課
1.草食及禽類疾病防治輔導。
2.衛生教育保健及疫情調查處置。
3.輸出(入)檢疫物之產地(追蹤)檢疫。
4.野生動物救傷診療等事項。
動物保護課
1.動物保護業務管理。
2.犬貓狂犬病防疫及進口追蹤檢疫。
3.實驗動物業務管理。
4.犬貓絕育業務管理。
5.特定寵物(犬)業之業務管理。
6.寵物(犬)登記業務管理等事項。
動物管制課
1.流浪犬貓管制。
2.急難救助及收容處置。
3.犬貓屍體焚化服務。
4.公立動物收容所管理。
動物保護教育園區管理課
1.職掌動物保護教育園區之犬貓收容、認領、認養、絕育、救傷醫療管理。
2.生命教育推廣等事項。
人事室
辦理本處人事管理業務。
會計室
辦理本處歲計、會計、預算籌編決算及主計相關業務。
收發室
辦理本處文書收發管理、檔案管理、印信等相關業務。