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光復初期,本市畜禽瘟疫猖獗,農民飼養家畜禽毫無安全保障,至農村經濟蒙受重大損失,政府有鑑於繁榮農村經濟,必須先發展畜牧事業,而發展畜牧事業必須先加強家畜防疫工作,恢復飼養者之信心。


本所成立之經過如下:

民國 42 年 9 月:

承農林廳及農復會之補助於桃園市中華路 11 號興建實驗室,設立「桃園縣家畜疾病診斷所」工作人員四名,由縣府畜產課兼任,推展家畜疾病防治工作,以實施兔化豬瘟疫苗田間免疫試驗為工作重點。


民國 47 年 4 月:

雇用臨時防疫員 12 名成立「家畜防疫隊」應用兔化豬瘟疫苗防治示範預防注射工作,奠定全面豬瘟預防注射工作基礎。


民國 47 年 8 月:

依據省頒「台灣省家畜疾病防治所組織規則準則」全省統一機構名稱,改名為「家畜疾病診斷所」隸屬於縣政府建設局。



民國 55 年 12 月:

修正組織規則準則為「台灣省縣市家畜疾病防治所組織規程」後正名為「桃園縣家畜疾病防治所」隸屬縣政府設置所長一人,並將原雇用臨時防疫員全部納入正式編制。


民國 63 年 8 月:

為健全組織功能依據省府再修正之「台灣省各縣市家畜疾病防治所組織規程」增設技正,分三股辦事。


民國 69 年 10 月:

自家畜疾病診斷所、家畜防疫隊、家畜疾病防治所成立迄今,各項防疫措施,深獲農民信心,本縣之畜牧(產)量遽增,續蒙上級補助,擴充設備增置儀器積極推展家畜防疫業務,業績斐然,設原址不敷需要,乃於縣府遷建時另建辦公廳一棟於 69 年 10 月 30 日遷入。


民國 75 年 10 月:

為健全組織功能,省府再修正「台灣省各縣市家畜疾病防治所組織規程」修正原技士兼股長為專任股長,並增列水產動物之疾病防疫為家畜疾病防治業務掌理事項。


民國 90 年 4 月:

由桃園縣家畜疾病防治所為改制為桃園縣動物防疫所,將原先三股修編為四課,分別掌理豬疾病防治及獸醫行政暨藥政工作、動物病性鑑定、草食動物及及家禽防疫、動物保護及寵物登記管理工作。


民國100年 1 月:

本縣升格為準直轄市,桃園縣動物防疫所名稱更改為桃園縣政府動物防疫所。


民國103年 12月:

本市於本年12月25日正式升格直轄市,改制為桃園市政府,本所亦同時改制為桃園市政府動物保護防疫處。 


民國106年 5月:

5月27日原桃園市政府動物保護防疫處更名為桃園市政府動物保護處。