家禽疾病防治：
一、配合行政院農業委員會動植物防疫檢疫局進行主動監測採樣，依據名單辦理白肉雞、土雞、蛋雞、白肉種雞、蛋種雞及水禽場採樣。
二、配合行政院農業委員會動植物防疫檢疫局新竹分局辦理輸入動物檢疫追蹤。
三、家禽場異常抗體輔導及消毒。
畜禽藥物殘留監測：
抽查市售鵝肉、雞肉、蛋品藥物殘留情形，改善我國畜禽產品藥物殘留問題，以保障社會大眾健康；不合格者除加強抽驗，輔導改善外並處行政罰款。且本所也會辦理防範藥物殘留宣導訓練班，以期共同維護產業生存、提昇競爭力及確保畜產品衛生安全。
畜禽藥物殘留檢測工作：
輔導養畜禽業者正確使用動物用藥品，以防範畜禽及其產品發生藥物殘留，保障國人之食用安全。